在使用全自动胶囊填充机前要先检查机器设备各部件是否完好，并且要按照要求对仪器进行消毒清洁。按照填充量等工艺要求选择合适的料盘规格，粉剂或颗粒充填系统。

1、支座与料盘应保持平行位置，充填杆应垂直于支座，以保证充填杆自如地出入料盘的充填孔。松开紧定螺钉，锁紧螺母旋转栓到所需高度（或向杆刻有刻度），然后拧紧螺钉、螺母，充填座高度调整完毕。
2、所有的安全设置都正确地配备和调节好后，在不带胶囊和药品的条件下，用手轮把机器按运转方向转动1-3转，然后，在一切正常的情况下，把胶囊和药粉（或颗粒）分别装入各自的容器内，填入高度均在容器边缘以下30mm处。
3、调节好全自动胶囊填充机填充杆插入料盘的深度，胶囊的zui大充填量是由胶囊的尺寸、料盘的高度以及填充杆对药粉的压实程度所决定的。调节好填充杆的高度，开始时，六组填充杆的下端面应在同一水平面上，填充杆的插入深度由料盘厚度决定。颗粒充填系统则依靠旋转调节轴，使调节件左右移动，通过容积变化来达到调整的目的。开动机器，即可进行正常工作。
4、充填机构的保护：定期检查计量斗，并清除任何粘于其上的沉积物。在凸滚上的轨道上涂一层薄油脂，每月一次。齿轮和槽形凸轮进行清洗并涂上油脂，每两周一次。
4、使用完后将全自动胶囊填充机进行清洁后，进行干燥存放。